Оба фильма Вильнёва основаны на романе Фрэнка Герберта «Дюна», и первая часть в целом следует сюжету книги. Действие разворачивается в далеком будущем нашей Вселенной, в котором человечество расселилось по всей галактике. Люди оказались под властью машин, однако сумели вернуть свою свободу. С тех пор искусственный интеллект и любые машины сложнее калькулятора находятся под запретом, а все сложные вычисления выполняют генетически развитые люди — ментаты.

Величайшей ценностью феодальной Империи, охватившей всю известную часть галактики, является Пряность (она же специя, приправа или меланж). Она продлевает жизнь, позволяет видеть будущее и помогает навигаторам прокладывать курс через межзвездное пространство. Единственным источником Пряности служит пустынная планета Арракис, та самая Дюна.

Долгое время добычей специи заправлял могущественный и жестокий дом Харконнен. В начале первой части правитель Империи, падишах-император Шаддам IV, отобрал у барона Владимира Харконнена право на добычу специи и передал его злейшим врагам Харконненов — дому Атрейдес. Герцог Лето, глава дома Атрейдес, обеспокоен. Он прибывает на Арракис вместе с соратниками и семьей — наложницей леди Джессикой, сестрой ордена Бене Гессерит, и сыном и наследником Полом. Пол постоянно видит во снах загадочную девушку и сцены из будущего, в которых он ведет «священную войну».

Герцог пытается наладить отношения с коренными жителями Арракиса — фременами. Но прежде чем это удается, барон, воспользовавшись помощью предателя в стане Атрейдесов, наносит удар. Возможно, солдаты Атрейдесов и смогли бы справиться с любыми силами Харконненов, вот только в форме последних сражались сардаукары — элитные воины императора. Большинство Атрейдесов, включая самого герцога, погибли, но Полу и Джессике удалось сбежать в пустыню. Там беглецы встречают фременов, среди которых оказывается Чани — та самая девушка из видений Пола. Вопреки воле матери, юноша решает присоединиться к фременам и восстановить мир на Арракисе.

Легенды фременов хранят пророчество о Махди — пришлом вожде из другого мира, который превратит жителей пустыни в главную силу в галактике. Когда Пол Атрейдес присоединился к фременам, многие кочевники увидели в нем Махди. Сам Пол постепенно перенимает образ жизни фременов — учится языку и обычаям, а его зрачки под воздействием Пряности окрашиваются в синий. Постепенно Пол и Чани сближаются и влюбляются друг в друга.

Пол и Джессика объединяют племена фременов. Пол смиряется со своей судьбой, провозглашает себя пророком из другого мира и бросает вызов Шаддаму. Император прибывает на Арракис в сопровождении ближайшего окружения и целого войска сардаукаров.

Оседлав песчаных червей, фремены наносят удар по сардаукарам и силам Харконненов. Пол убивает барона и захватывает в плен Шаддама со свитой. Угрожая уничтожить всю Пряность на Арракисе (а следовательно, и в галактике), Пол требует от императора отречься от престола в его пользу и отдать юному Атрейдесу руку дочери правителя — принцессы Ирулан.

И вот тут, уже в самом конце, сюжет фильма значительно отходит от первоисточника. По книге угроза Пола срабатывает. Он становится императором, а затем его верные фремены устраивают в галактике священный джихад, отправив на тот свет 60 миллиардов человек. В фильме Вильнёва же ультиматум действует наполовину: император отрекается от престола, Ирулан соглашается стать женой Пола, но вот Великие дома полностью игнорируют угрозу, отказываются признавать власть Атрейдеса и готовятся к бомбардировке Арракиса. Пол велит своей армии фременов атаковать орбитальный флот Великих домов, тем самым начиная священный джихад.

Причины подобного изменения лежат на поверхности: Дени Вильнёв неоднократно заявлял о своем желании превратить «Дюну» в трилогию, экранизировав заодно и второй роман цикла — «Мессию Дюны», который и ставит точку в истории Пола Атрейдеса. Оставив концовку второй части с прицелом на продолжение, Вильнёв выразил свое желание максимально наглядно.

Роман можно назвать прямым сиквелом первой книги. Его действие разворачивается спустя 12 лет после событий «Дюны». Пол Атрейдес оказался не в силах остановить священный джихад, унесший жизни 60 миллиардов человек в галактике. Неудивительно, что по всей Империи можно найти множество недовольных правлением нового императора. Среди них — орден Бене Гессерит (сестры которого не простили Джессике вмешательство в генетические эксперименты и считают Пола воплощением Мерзости), высшие имперские чиновники и члены других гильдий, даже некоторые фремены. К заговору против Пола присоединяется и его собственная жена Ирулан. Полу удается разделаться со всеми заговорщиками, но в финале романа ослепший мессия, следуя обычаям фременов, уходит в пустыню умирать.

Книга посвящена судьбе двух детей Пола, рожденных от Чани — близнецов Лето Атрейдеса II и Ганимы Атрейдес. Пока близнецы растут, их опекой занимаются бабушка леди Джессика и сестра Пола, Алия. Орден Бене Гессерит и представители свергнутой династии Коррино продолжают независимо друг от друга плести новые заговоры с целью убийства детей, а в Арракине, столице Арракиса и всей Империи, появляется слепой проповедник, обличающий правящий режим.

Лето способен предвидеть будущее даже в большей степени, чем его отец. Но картины будущего его совсем не радуют: он видит миллиарды различных версий, в которых человечество погибает, и только одно будущее, в котором ему удается выжить. Лето решает воплотить в жизнь этот вариант развития, он называет его «золотым путем», но для претворения планов в жизнь императору придется оставаться у власти тысячи лет. Вступив в симбиоз с песчаной форелью — личиночной формой великих песчаных червей Арракиса, — Лето обрел бессмертие, но утратил свою человечность.

Действие романа начинается спустя три с половиной тысячи лет после событий «Детей». Лето продолжает править галактикой, ведя человечество по «золотому пути» — единственной стратегии развития, позволяющей избежать полной гибели цивилизации. Император полностью трансформировался в песчаного червя с человеческими чертами лица. Арракис превратился в цветущий сад, а песчаные черви почти полностью исчезли. Но люди решены свободы воли и должны следовать указаниям Бога-императора. Далеко не всех устраивает подобное положение дел, и Сиена Атрейдес, далекий потомок сестры Лето, Ганимы, убивает императора, освобождая человечество от власти оракулов и пророков. Начинается великий исход: многие бывшие граждане Империи разлетелись по другим планетам и даже галактикам.

Проходит еще полторы тысячи лет после смерти Лето. Потомки ушедших начинают возвращаться обратно на территорию бывшей Империи, и не все они настроены мирно. Досточтимые Матроны, жестокий женский орден, намеревается захватить всю известную часть галактики. Матроны уничтожают Арракис и истребляют всех песчаных червей.

Прямое продолжение «Еретиков». Матроны намереваются завоевать всю бывшую Империю, но на пути у них стоит орден Бене Гессерит. Героям удается справиться с Матронами, но выясняется, что на самом деле Матроны бегут от еще более страшного врага, но что это за враг, Герберт рассказать не успел. Роман обрывается на клиффхэнгере: за сбежавшими героями наблюдают два представителя технологически более развитой расы.